PHP bir Apache modülü olarak kullanıldığında Apache kullanıcısının (Apache yapılandırma dosyasında user yönergesine bakın) yetkilerini miras alır. Bu kullanıcı genellikle 'nobody' kullanıcısı olur fakat bunun güvenlikle ve kimlik doğrulama ile ilgili olumsuz etkileri olabilir. Örneğin PHP'yi bir veritabanına erişmek için kullanıyorsanız ve bu veritabanına yerleşik olarak erişim izniniz yoksa "nobody" kullanıcısına bu veritabanına erişim izni vermek zorunda kalırsınız. Bu, kötücül bir betiğin bir kullanıcı ismi ve parola belirtmeksizin veritabanına erişebilmesi ve değişiklik yapabilmesi anlamına gelir. Bir ağ örümceğinin veritabanı yönetici sayfasına rast gelmesi ve tüm veritabanınızı yok etmesi çok mümkündür. Bu gibi durumlardan Apache kimlik doğrulaması ile korunabileceğiniz gibi LDAP, .htaccess dosyaları, vs. kullanarak kendi erişim modelinizi tasarlayabilir ve bu kodu PHP betiklerinize dahil edebilirsiniz. Güvenliğin sağlanması, PHP'nin tamamen etkisiz hale getirilmesi, dosya yazma, veritabanı erişiminin kısıtlanması demek değildir. Bunlar sağlanırsa güvenli bir işlem ortamı oluşmuş olabilir ancak PHP özellikleri kaybolmuş olur. Sık yapılan bir güvenlik hatası Apache'yi root kullanıcısının aidiyetinde çalıştırmak veya Apache'nin yeteneklerini başka yollarla arttırmaktır. Apache kullanıcısının yetkilerini root seviyesine yükseltmek, oldukça tehlikeli olup sistemin tamamını tehlikeye atmak demektir. Dolayısıyla, güvenlik profesyoneli olmayanların sudo veya chroot yapmayı ya da Apache'yi root olarak başka bir şekilde çalıştırmayı düşünmemesi gerekir. PHP bazı basit çözümler içermektedir. Örneğin, open_basedir kullanarak PHP tarafından kullanımına izin verilen dizinlere erişimi denetleyebilir ve kısıtlayabilirsiniz. Ayrıca, sadece Apache'nin erişimine açık bölgeler tanımlayabilir, kullanıcılara ve sisteme ait dosyalara erişimi kısıtlayabilirsiniz.